向かって右から第一殿、第二殿、第三殿であり、それぞれ、天水分神（あめのみくまりのかみ）、速秋津彦命（はやあきつひこのみこと）、国水分神（くにのみくまりのかみ）が祀られています。三棟はいずれも、一間社隅木入春日造の檜皮葺です。本殿三棟のうち、第一殿と第三殿は、鎌倉時代の元応二年（西暦1320年）に建造されたものであることが第一殿の棟木銘によって明らかであり、第二殿は永禄元年（西暦1558年）に修理工事が行われたことが棟木銘に記されています。三棟は等間隔で横一線上に並んでおり、「みくまり造り」と称され連結社殿の原初形式を示すものであります。建造当時の部材が良好な状態で残されていること、意匠が独創性に富んだものであること、さらに建造年代の明らかな隅木入春日造としては最古のものであることが評価され、昭和29（西暦1954）年に国宝の指定を受けております。